字端人。陕西澄城人。其父元耀系清光绪二十三年(1897)武举。因感自己文化不足,遂聘塾师课子读书。耿直于光绪三十四年(1908)进本县高等小学堂上学,后考入澄城巡警教练所。宣统二年(1910)毕业,被派到寺前镇办巡警所。此间,结识了前辈吴孤民和当地在省城等地从业的杨子廉、严文轩等。杨、严都是中国同盟会会员。耿从他们那里领悟了孙中山的革命思想和主张,反清革命的愿望更强烈、迫切。遂暗中联络热血青年,随时准备举义。
1911年10月陕西同盟会联合新军、哥老会在西安起义成功。耿昼夜兼程奔赴省城,投身反清斗争。开始在军政府外交司(后改为交通司)为司长宋向辰当警卫。不久,清廷派大军由东西两路攻陕,形势极为严峻。为迎击清军反扑,耿直与郭坚在大荔一带募集“刀客”和农村青年千余人组成“冯翊军”,协同东路军抗击清军。共和告成,郭坚、耿直部被编为巡缉营,归属于陈树藩之陕西陆军第二混成旅,耿任连长。
1914年,袁世凯以“追剿”白朗起义军为名,派亲信陆建章入陕,替代张凤翙督陕,对陕军大加裁汰。陈树藩靠送厚礼、拉关系保住了旅长职位,并被先后任命为陕南、陕北镇守使,巡缉营随即遣散。耿脱离军职前往山西、河南等地进行“反袁逐陆”活动,遂受到袁世凯北京政府通缉。
1915年12月,蔡锷、李烈钧等在云南组织护国军反对袁世凯复辟帝制。耿赶回陕西,与郭坚联络,密商起兵响应。耿还联络渭北豪侠王珏、李夺等200多人,开展反袁斗争,占领了洛川的土基镇,并联合白水曹世英、高峻等人共同支援护国运动。他们一面派人促陈反袁,一面从白水向蒲城进发。这时已调为陕北镇守使的陈树藩,又接受了陆建章委任的“渭北剿匪总司令”职务,背信派兵在蒲城阻击义军。郭坚、耿直、曹世英、高峻等千余人受挫,退兵陕北,以图再起。
1916年陈树藩任陕督后,编郭、耿部为陕西游击军,郭任统领,耿任帮统。袁世凯死后,原先拥袁称帝的陈树藩,又投靠皖系军阀,祸陕害民,并将陕西游击军改编为全省警备军。警备军有7个营,3000多人,仍由郭、耿统领,划归地方行政长官节制。耿不但是反陈斗争的积极参加者,还是西安地区反陈斗争的组织者和领导者。他派警备军参谋范润生赴广州联络,受到孙中山接见,孙以大元帅名义委任耿为陕西靖国军招讨使,转嘱他“必须与民党人士切取联系,开诚协商,共举义旗”(《陕西民国人物(2)》第57页)。1917年,张勋拥溥仪复辟,郭坚奉命率部假道山西,北上讨伐,遭陈树藩、阎锡山谋算,受挫折兵;郭0黄河返回陕西,被陈树藩拒之西府。为离间耿与郭的关系,陈任命耿接替郭为全省警备军统领。耿表面应付,暗中积极策划起义,与渭北高峻、焦子静等人秘密商定,由高、焦先在渭北白水起义,把陈树藩军引向渭北;耿在省城西安乘虚起事;郭坚、曹世英、刘锡麟等在外围配合,初步确定1917年12月在西安举义。
高峻等于12月3日在白水起义,宣布独立,发出讨陈檄文。西安起义随之爆发。耿安排部下刺杀陈树藩未遂,第二天又以亲自押送刺客为名,二次刺陈,慌乱之中,部下误刺了陪陈用餐的关中道尹陈友璋。陈树藩乘乱跳窗逃走后,即疯狂组织镇压。起义部队只有600多人,装备又差,但耿奋不顾身,率部冲杀,与-巷战两昼夜,终因寡不敌众,退兵户县,与来援之郭坚部会合,旋在周至成立靖国军,郭、耿分任总、副司令。由于陈树藩重兵压迫,郭、耿率部退守凤翔、岐山。陈又调三个团围攻岐山,耿遂率部向东,欲取大荔、蒲城等地,中途又于富平美原镇遭胡景翼部追堵,激战五日方至蒲城,再与-守城的李天佐部和随后追到的胡景翼部展开激战。义军连日转战,疲惫不堪,又有内部不良分子捣乱,局势十分严峻。1918年1月25日(农历丁巳年十二月十三日)耿果断下令退却。撤退中,他连中数弹,血流如注,忍痛嘱咐左右:“快把我的头割下,不要让落到敌人手里。”(参见(《陕西民国人物(2)第65页》))话毕壮烈牺牲。